George Lucasnak először 2002-ben támadt az ötlete a Klónok háborúja animációs sorozatra. A Star Wars: Klónok háborúja sorozat 2003–tól 2005–ig a Cartoon Network sugározta, producere Genndy Tartakovsky. A Star Wars: A Klónok háborúját 2005 áprilisában jelentették be a III. Star Wars Celebration-on, amelyet Lucas a „pilot sorozat 3D-s folytatásaként" emlegetett. Dave Filoni-t felügyelő rendezőnek vették fel, és ismerte a korábbi Star Wars animációs projekteket. Filoni eredeti ötlete a sorozathoz egy visszatérő szereplőgárda körül forgott, akik a Milleniumi Falconhoz hasonló űrhajó fedélzetén utaztak ; a hajó legénysége egy csempész, barátnője, egy Lunker nevű gungan, egy Ashla nevű jedi padavan és a Jedi mestere lett volna. A Klónok háborúja ezt a korai koncepcióját úgy tervezték meg, hogy ne zavarja a meglévő folytonosságot, és mint ilyen, csak olyan filmszereplők, mint Obi-Wan Kenobi és Anakin Skywalker csak alkalmanként szerepelt volna. Azonban amint Lucas bekapcsolódott, úgy döntött, hogy a műsor a film szereplőire fog összpontosítani, de Filoni néhány ötlete is szerepelt benne, például Ashla (akinek neve végül Ashoka lett).
2006 februárjában a Lucasfilm Animation az animációs teszteken és a kezdeti forgatókönyveken dolgozott, és Lucas nagy szerepet játszott az egész folyamatban. Lucas közreműködése a forgatókönyvek többségének újra írását eredményezte, mivel Lucas ragaszkodott a karakterek további fejlesztéséhez, és ahhoz, hogy a műsor ne egy helyszínen történjen, hanem a lehető legtöbb helyen, hogy a történet a lehető legérdekesebb legyen a nézők számára. Az animációs stílust az 1960-as évek bábjai az űrben című sorozatai ihlették, mint például Gerry Anderson Thunderbirds című filmje, valamint az eredeti Klónok háborúja sorozat karaktertervei. A Klónok háborúja minden egyes epizódját úgy tervezték, hogy önállóak legyenek, minden történethez egy nyitó narráció és egy morál tartozik. A sztorit és a filmezést tekintve a sorozatot úgy rendezték, mintha élőszereplős sorozat lenne, és az epizódokat szélesvásznon készítették. Henry Gilroy író az 1930-as évek pörgős kalandos sci-fi sorozataiból merített ihletet az epizódcímekhez. A sorozat Lucas korábbi Star Wars projektjeiből származó fel nem használt ötleteket használt fel. Paul Dini legalább két elutasított ötletet vetett fel az epizódokhoz: az egyikben Jar Jar Binks próbálta meggyőzni Galaktikus Szenátust, hogy van élet egy homályos bolygón, a másikban pedig Anakin Skywalker és Padmé Amidala egy Ewok bérgyilkost bérelt fel.
Filoni és Gilroy szerint bár Lucas kreatív szabadságot adott nekik a sorozat nagy részében, számos karakter és helyszín tiltva volt. A karakterekkel kapcsolatban Lucas azt kérte, hogy ne használják Han Solót, Csubbakkát, Boba Fettet vagy Jabba-t a Huttot, amikor Gilroy a show-bibliát írta, de a következő találkozás idejére Lucas meggondolta magát az utóbbi két karakterrel kapcsolatban. A helyszínekkel kapcsolatban Lucas megkérte Gilroyt és Filonit, hogy ne fedezzék fel a Coruscant kivételével a filmekben látható bolygókat. De a karakterkorlátozásokhoz hasonlóan, végül meggondolta magát.
2013 március 11-én a starwars.com - on megjelent egy videó , amelyben a stáb kifejtette, hogy "lezárják" a sorozat gyártását, és befejezték az új epizódok aktív gyártását. A Lucasfilm Story Group tagja, Pablo Hidalgo kijelentette, hogy 13 történetív maradt befejezetlenül. Brent Friedman író a Twitter-fiókjában felfedte, hogy a 7. és 8. évad forgatókönyvei még a sorozat törlése előtt készültek. James Arnold Taylor, Obi-Wan Kenobi szinkronszínésze kijelentette, hogy a sorozat lemondása előtt a színészek legalább két hátralévő, nem gyártott évadot rögzítettek. A sorozat vége óta Leland Chee és a hivatalos blog is közzétette az epizódok időrendi listáját.
A sorozat készítői elmagyarázták, hogy a kibővített univerzummal való folyamatosságot nagyon komolyan vették, mivel Dave Filoni jól ismerte az anyagot, bár Lucasnak joga volt némi módosításokat végrehajtani a történet érdekében, és közvetlenül konzultáltak vele a főbb szereplők. A Lucasfilm azt mondta a TV Guide-nak, hogy A Klónok háborúja nem váltja fel az eredeti Klónok háborúja sorozatot a folyamatosságban, hanem kibővíti azt, amit a korábbi sorozat megalapozott. A Dark Horse Comics szerkesztője Randy Stradley azt is állította, hogy találkozott a Lucasfilm Animation csapattal, hogy megvitassák a show és a Klónok háborúja képregények integrálását. A játékfilm és a TV-sorozat azonban számos folytonossági inkonzisztenciát mutattak be, amelyek közül sok közvetlenül ellentmondott a korábban publikált forrásoknak, újra gondolásokat és jelentős változtatásokat igényelt a korábban létrehozott Klónok háborúja idővonalon, amelyeket Leland Chee soha nem hozott létre. Számos szembetűnő példa volt a közvetlen ellentmondásra a Klónok háborúja és a korábbi Klónok háborúja média között:
A kezdetben felügyelő rendező, Dave Filoni megvédte a folytonossági különbségeket: "De soha nincs implicit kapcsolat a Cartoon Network által korábban készített mikro sorozatok és a mostani sorozatok között. Én személy szerint rajongóként soha nem gondolok arra, hogy hiteltelenné tenné őket. A többi anyagról csak annyi, hogy a többi anyag más nézőpontból, másképp nézi a háborút és vállalja a háborút. Ez egy folyamatosan táguló univerzum sok szempontból." A Star Wars Celebration IV előadásain Filoni diasorozatot mutatott be, amelyeken több karakterszobor-tervet mutattak be a sorozathoz – kijelentve, hogy megosztanák az eredeti Klónok háborújának stilizációját, de a filmek valósághű megjelenését is megőrzik. Kifejtette ugyanakkor, hogy a sorozat elemei némileg eltérnének attól, amit korábban a folyamatosságban megállapítottak. Változtatások történtek az eredeti Klónok háborúja sorozathoz képest: Obi-Wan nem visel annyi klón általános páncélt, Grievous köhög a coruscanti csata előtt, és a Jedi harci stílusok inkább a filmekhez hasonlítanak, és nem úgy, mint az eredeti sorozatban bemutatott eltúlzott Jedi-képességek némelyike. Végül Filoni kijelentette, hogy az Expanded Universe és A Klónok háborúja televíziós sorozat „nem ugyanabban az univerzumban élnek”. A klónok háborúja a Holocron folytonossági adatbázisban T-canonként volt besorolva.
2014. április 25-én azonban bejelentették, hogy az Expanded Universe-t Star Wars Legendákra keresztelik, és hogy az egyetlen korábbi anyag, amelyet kánonnak tekintenek, az eredeti trilógia és az előzménytrilógia valamint A Klónok háborúja. Miközben az 1-6. epizódot és a Klónok háborúját is megdönthetetlen igazságként rögzíti mindkét idővonalra, így elhárítva a sorozat és a Star Wars Legendák anyagok közötti konfliktusokat a Kánon idővonalán készült tartalomhoz. A sorozaton alapuló regényalkotások azonban nem minősülnek kánonnak, ahogy a videojáték-kiadások vagy a képregények sem, kivéve a Legacy anyagokat és minden más olyan, közelgő projektet, amely olyan televíziós sorozathoz készült, amely végül nem került adásba. A sorozaton alapuló referenciaművek, mint például a Star Wars: The Clone Wars Character Encyclopedia, a Legendák kontinuitás részének tekintendők, és nem minősülnek kánon forrásnak, bár kanonikus referenciacímek már léteznek a sorozat szereplői számára. A 2014-es újraindítás következtében a sorozat kezdeti multimédiás projektje a jelenlegi folytonosság szempontjából nem kanonikussá vált.
Ennek ismeretében A klónok háborúja sorozat és a hozzátartozó, de kánonként el nem ismerő anyagokat ugyancsak nem lehet tekinteni az általam készített kánon részének. Ugyanerre a sorsa jut a Disney érában készített animációs sorozatok és a hozzátartozó képregények és könyvek is.